晋时，南通市境内置有如皋、蒲涛、临江、宁海4县，均属海陵郡。南北朝时，一度增设海安县。

隋初，境内县级建置皆废。

唐景龙二年（708），析海陵县东境置海安县，属扬州。开元十年（722），海安县复并入海陵，境内建置复无。南唐保大十年（952），置如皋县，隶泰州。

后周显德五年（958），置静海军，旋升为通州，领静海、海门2县，隶扬州，州治静海。

宋天圣元年（1023），改通州为崇州（又名崇川），不久复名通州。

元至元十五年（1278），升通州为通州路。至元二十一年，通州路又降为通州。

明洪武元年（1368），废静海县，通州直辖静海，领海门、崇明2个县。洪武九年，崇明改隶苏州府，通州仅领海门县。

清康熙十一年（1672），废海门县入通州。雍正二年（1724），通州升直隶州，领泰兴、如皋2个县。乾隆三十三年（1768），置海门直隶厅，上隶江苏布政使司。

1912年，中华民国废府、州、厅，境内置有南通、如皋、海门3个县，直属江苏省。1928年，在崇明外沙置启东县。

1938年3月，日军侵占南通城，成立伪政权，南通县政府先后迁至金沙、北兴桥。1940年8月，新四军东进至如皋西乡，建立如皋县抗日民主政府。1941年3月，如皋县析为2个县，以通扬运河为界，原如皋县西部地区为“如西县”，东部地区为“如皋县”。1945年9月1日，如皋城解放，如西县政府奉命进城接管，“如西县”复名“如皋县”，设于原如皋县东乡的“如皋县”改称“如东县”。1948年，紫石县改名海安县。

1949年2月2日，南通全境解放，华中行政办事处析城厢及唐闸、天生港、陆洪闸、狼山一带为境设立南通市，隶属苏皖边区第九行政区。5月，苏皖边区第九行政区改称苏北南通行政区，辖南通、如东、海门、启东、崇明5个县和南通市。1950年1月，海安、如皋2个县由苏北泰州行政区划归南通行政区。1950年5月，南通市改为苏北行政公署直辖市。1953年1月，重建江苏省，南 通市改为江苏省政府直辖市。1958年7月，南通市改属南通专区。1958年11月，崇明县划属上海市。1962年6月，南通市改为省辖市。南通专区下辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东6个县。1983年3月，实行市管县体制，撤销南通地区行政公署，其原所辖6个县归南通市领导。至此，南通市辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东6个县及城中、港闸、郊区3个区。6月，市区的城中、港闸两区合并，建立城区，郊区不变。1984年12月，国务院批准设立南通开发区。1989年，启东县撤县建市。1990年11月，省政府批准建立南通市政府富民港办事处，作为市政府派出机关。1991年2月，如皋县撤县建市。5月，城区和郊区分别更名为崇川区和港闸区。1993年1月，南通县撤县建立通州市。1994年4月，海门县撤县建市。2001年11月，南通市政府富民港办事处并入南通开发区，对外保留牌子。2009年7月，通州市撤市设区。2018年5月，海安县撤县建市。2020年7月，撤销原崇川区、原港闸区，设立新的崇川区；海门市撤市建区。至2021年底，南通市区有崇川区、通州区、海门区和富民港办事处（与南通开发区管委会合署办公），下辖如东县、启东市、如皋市、海安市。全市有镇65个、街道38个，农村社区1292个，城市社区632个，场圃4个。

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